前總統陳水扁海外密帳案，意外引發二次金改弊案疑雲，身為金管會主委的陳樹，對於國民黨立委邱毅頻頻大動作點名、以及行政院院長劉兆玄公開表示，要求針對部分牽涉案件必須利益迴避之下，他在8月28日首度主動打破沉默，出席金管會例行記者會對外說明「不該迴避而迴避是不負責任，該迴避而不迴避是本身就有問題。」雖然對於二次金改涉案程度真的不深，但對於他曾經簽過名的相關案件，即使上級長官沒交代，自己也會主動請示迴避。另外陳樹強調，劉兆玄與行政院副院長邱正雄於27日，都曾先後致電，針對要求迴避部分加以解釋，新聞局長史亞萍也已再次公開說明，因此與行政院之間並無任何信任危機問題。至於外界質疑曾任台証證券獨立董事的敏感身分，會否因與台新金控董事長吳東亮過去私交匪淺而刻意放水？陳樹指出，獨立董事的立場，是能在不受董事會影響下，以獨立方式運作的單位，且公歸公，私歸私，不會因此而影響到目前偵辦與調查的進度；此外，他也進一步說到：「希望外界不要對此無限上綱，否則哪個公務員還敢出去外面做事？」
